آزمایشگاه سیستم عامل یکی از مجهز ترین آزمایشگاه های سیستم عامل در ایران است. دستگاههای موجود در این آزمایشگاه عبارتند از: یک دستگاه super microcomputer 16 پردازنده Hp، یک دستگاه Hp server prolliant. انجام پروژه های سیستم عامل , cluster (پردازش موازی ) ، محاسبات پرسرعت و موازی از جمله اهداف راه اندازی این آزمایشگاه بوده است.