چکیده: زرشک در مناطق مختلف ایران مورد استفاده های غذایی، صنعتی و دارویی دارد. زرشک بی دانه به عنوان یک محصول اقتصادی سهم عمده ای در اقتصاد کشاورزی منطقه جنوب خراسان دارد. در سالهای اخیر استفاده از توالی نواحی rDNA ITS برای شناسایی گونه های گیاهی و تعیین بارکدینگ آنها افزایش یافته است. در تحقیق حاضر با هدف بررسی کارائی توالی نواحی rDNA ITS در بارکدگذاری 19 نمونه جمع آوری شده زرشک از پژوهشکده علوم گیاهی و صنایع غذایی مشهد، شهرستان اسفراین و شاهرود انجام پذیرفت. نمونه ها در آزمایشگاه دانشکده کشاورزی شاهرود با استفاده از پرایمر اختصاصی ITS2 زرشک تکثیر و برای توالی یابی ارسال گردید. پس از توالی یابی تجزیه و تحلیل فیلوژنی آنها با استفاده از نرم افزار MEGA X و آنالیز آن به روش UPGMA انجام شد. توالی ها در پایگاه داده NCBI ثبت گردید و میزان شباهت این توالی ها با عملیات بلاست با سایر گونه ها مشخص گردید و دندروگرام بر اساس میزان مشابهت با سایر گونه ها در پایگاه دادهNCBI رسم گردید. نتایج نشان داد فاصله ژنتیکی در میان نمونه های مورد بررسی از 0/012 تا 0/154 متغیر بود. در تجزیه خوشه ای زرشک ژاپنی (زینتی JA) در شاخه جداگانه ای از 18 ژنوتیپ مورد مطالعه گونه‌های زرشک ایران قرار گرفت. در آنالیز بلاست 93 توالی DNA مربوط به گونه‌های مختلف زرشک در پایگاه داده NCBI با توالی های 19 ژنوتیپ زرشک بالای 90 درصد تطابق نشان دادند. بیشترین شباهت توالی ITS2 زرشک زینتی با گونه مشابه (B. thumbergii) در سایت NCBI تنها 91 درصد بود. در تجزیه خوشه بر اساس توالی در سایت NCBI ژنوتیپ R9N3 جدا از ژنوتیپ‌های مورد مطالعه قرار گرفت و سایر ژنوتیپ ها در دو گروه قرار گرفتند. گروه اول شامل ژنوتیپ‌های اسفراین (ES) (به جز ES1) و Sh1 و R14N2 بود. این ژنوتیپ ها اکثر از گونه B. crataegina بودند و گروه دوم شامل ژنوتیپ‌های ES1،Sh2-5،R12N1 ،R8N3 ،R2N1، R5N1 و R11N3 در کنار سایر ژنوتیپ های پایگاه داده NCBI درگونه B. integerrima قرار گرفتند. ژنوتیپ بی دانه زرشک باغی نیز در کنار گونه B. integerrima در این گروه قرار گرفت. با توجه به شباهت توالی ها تنها امکان تهیه سه جفت پرایمر اختصاصی به نام های R14N2، R9N3 و B.th فراهم گردید. سه جفت پرایمر طراحی، تکثیر و بر روی 19 نمونه گونه گیاهی بکار گرفته شد. پرایمر R14N2 به طور اختصاصی توانست ژنوتیبR14N2 را تکثیر نماید ولی پرایمر های R9N3 و B.th باند اختصاصی نداشتند.