چکیده: شانکر مرکبات هر ساله عملکرد و کیفیت محصولات این خانواده گیاهی به‏ویژه لیمو‏ترش و پرتقال را کاهش می‏دهد. وزارت جهاد کشاورزی در سال 1388 به استناد ماده 16 قانون حفظ نباتات، بیماری شانکر را جز بیماری های قرنطینه ای داخلی اعلام کرد که طبق آن جابه جایی اندام های آلوده در کل استان های کشور غیر از هرمزگان، سیستان و بلوچستان، منطقه جیرفت، کهنوج، قیر و کارزین در استان فارس ممنوع می باشد. شانکر را می توان از طریق روش های سنتی و نوین تحت کنترل درآورد. از روش های سنتی می توان به استفاده از سموم شیمیایی اشاره کرد که اثرات سو بر اکوسیستم ها، سلامت انسان و دام دارد. از روش های نوین می توان به استفاده از باکتری ها و قارچ های آنتاگونیست و عصاره های ترشحی آن ها، عصاره های آنتی باکتریالی گیاهان، آنتی بادی ها، باکتریوفاژ ها و آپتامر ها اشاره کرد. آپتامرها الیگونوکلئوتیدهایی از جنسRNA و ssDNA یا مولکول های پپتیدی هستند که می توانند با مولکول هدفشان با اختصاصیت بالا جفت شوند. عامل بیماری شانکر مرکبات Xanthomonas citri subsp. citri است که به 5 گروه تقسیم می شود. از میان آن ها شانکر نوع A و ایزوله "A" ^"*" درایران به مرکبات آسیب می رساند. پروتئین pthA از گروه خانواده پروتئینی avrBs3/pthA می باشد که اثرات قابل توجهی بر توان عفونت‌زایی سویه‌های زانتوموناس دارد. جهش در مولکول افکتور، بیماری زایی باکتری های شانکر را متاثر می سازد. . این پژوهش با هدف کلون و بیان آپتامر YPASYMQ در گیاه مدل توتون جهت مشاهده کاهش تاثیر پروتئین بیماری زای pthA انجام شد. نتایج نشان داد برگ گیاهان توتون رقم Xanthi ، Benthamianaو گیاهان Citrus latifolia، Citrus sinensis و Citrus aurantifulia حاوی پروتئین pthA که 3روز بعد از بیان آپتامر YPASYMQ تزریق شده بود تفاوت معنی داری را با برگ شاهد (فقط حاوی پروتئین pthA) در پاسخ HR و علایم شانکر داشت. اما در مورد گیاه Brassica napus تفاوت معنی دار مشاهده نشد. آپتامر توانست عملکرد پروتئین pthA را کاهش دهد و طبق نتایج آزمون وسترن بلات، آپتامر در 11 روز بعد از بیان همچنان در گیاه وجود دارد اما مقدار آن کاهش می یابد.