چکیده: در این پژوهش تنوع ژنتیکی 45 ژنوتیپ پسته شامل 20 ژنوتیپ نر و 20 ژنوتیپ ماده انتخابی به همراه پنج رقم پسته تجاری از کلکسیون بذری ایستگاه تحقیقات پسته دامغان با استفاده از خصوصیات مورفولوژیکی، فنولوژیکی و همچنین دو نشانگر ISSR و RAPD مورد ارزیابی قرار گرفتند. 10 نشانگر مولکولی ISSR در مجموع 227 باند تولید کردند که تمام آن‌ها 100 درصد چند شکلی نشان دادند. میانگین تعداد باندهای چند شکل 22/7 باند برای هر نشانگر بود. بیشترین قدرت تفکیک ژنی را نشانگر UBC888 با میزان Rp 14/71 داشت. از 10 نشانگرRAPD 213 باند تولید شد که تعداد 205 باند از آن‌ها چند شکل بود. میانگین تعداد باندهای چندشکلی برای هر نشانگر 5/20 باند بود و 95/9 درصد چندشکلی مشاهده شد. نشانگر BD12 با میزان 13/64 بیشترین Rp را به خود اختصاص داد. برای تعیین روابط بین صفات، ضریب همبستگی میان آن‌ها محاسبه شد. نتایج تجزیه نشان داد که ژنوتیپ‌ها در برخی از صفات مورد مطالعه از قبیل وزن 100 دانه و طول میوه، میزان پوکی، خندانی میوه، تاریخ آغاز گلدهی، طول دوره گلدهی، تاریخ برداشت میوه و همچنین صفات ابعادی برگ و طول شاخه سال جاری با داشتن واریانس و ضریب تغییرات بالا، تنوع بیشتری نشان دادند. ژنوتیپ FG18 بیشترین وزن پسته خشک (128/4 گرم) و FG3 بیشترین وزن مغز (51 گرم) و ژنوتیپ نر MG20 طولانی‌ترین دوره گلدهی (11روز) ژنوتیپ‌های برتر معرفی شدند. ضریب همبستگی صفات بین بسیاری از داده‌های مورفولوژیکی به‌ ویژه خصوصیات کمی اختلاف معنی‌دار و مثبتی نشان داد. تجزیه خوشه‌ای به روش Ward و تجزیه به مؤلفه‌های اصلی حاصل از سه مؤلفه اول در مجموع با 52/45 درصد، حاصل از داده‌های مورفولوژیکی توانست تنوع بین دو گروه ژنوتیپ‌های ماده و ارقام تجاری را توجیه نماید و تفکیک مناسبی از ژنوتیپ‌های ماده نشان دهد. گروه‌بندی ژنوتیپ‌ها با استفاده از تجزیه خوشه‌ای به روش UPGMA توانست هر سه گروه ژنوتیپ‌های نر و ماده بذری و ارقام تجاری را در شش گروه از هم تفکیک کند، به طوری که ارقام تجاری به جز رقم اکبری و کله‌قوچی بیشتر در بین گروه ژنوتیپ‌های نر مشاهده شدند.