چکیده: پیشرفت دانش و تجهیزات در علوم زیست‌شناسی موجب شده است که با افزایش حجم عظیم داده‌های استخراج شده از سلول‌ها و موجودات مواجه باشیم. افزایش این حجم از داده‌ها و نیاز به ذخیره، بازیابی و تحلیل مناسب این داده‌ها، موجب پیدایش علم بیوانفورماتیک گردید. ژن های درگیر در مسیرهای بیولوژیکی مرتبط اغلب با همکاری هم، بیان می شوند و به این ترتیب اطلاعات مربوط به هم بیانی، کلیدی برای درک سیستم های زیستی است. انتظار می رود که ژن های درگیر در فرآیندی یکسان در بسیاری از شرایط مختلف الگوهای بیان مشابه ای داشته باشند. خوشه بندی ژن-ها بر اساس تشابه سطوح بیان ابزار مناسبی برای گروه بندی ژن هایی با فعالیت مرتبط با هم است. تنظیم خاص ژن رونویسی اهمیت زیادی برای تمام مراحل عملکردهای سلولی دارد. هر ژن حاوی ترکیبی منحصر به فرد از توالی عناصر تنظیمی سیس در منطقه تنظیمی 5' است. عناصر تنظیمی سیس بسیاری از فرآیندهای بیولوژیکی و پاسخ به استرس ها را کنترل می کنند. در این پروژه به منظور مطالعه بیوانفورماتیکی ژن های هم بیان با آنزیم پکتات لیاز، 26 ژن پکتات لیاز و 159 ژن هم-بیان با آن در گیاه آرابیدوپسیس و 8 ژن پکتات لیاز و 32 ژن هم بیان با آن در گیاه برنج با استفاده از پایگاه های اطلاعاتی CAZy، Cell wall Genomics، ATTED-II و RiceFREND شناسایی و مورد بررسی قرار گرفت. برای شناخت هم بیان مستقیم احتمالی از آنالیز جایگاه بیان در بافت های مختلف و آنالیز عناصر تنظیمی سیس در توالی پروموتوری 1000 جفت باز بالادست ژن ها به ترتیب از اطلاعات پایگاه Genevestigator و PlantCARE استفاده شد. 69 ژن هم بیان مستقیم احتمالی با ژن های پکتات لیاز در آرابیدوپسیس تالیانا شناسایی شد که عملکرد اکثر آنها گلیکوسیل هیدرولازی، پکتات لیازی، پکتین متیل استرازی و Expansinها می باشد و در برنج 10 ژن هم بیان مستقیم احتمالی شناسایی شد که اکثر آنها عملکردی ناشناخته دارند. نتایج رسم درختچه فیلوژنتیکی با استفاده از نرم افزار MEGA5 نشان داد که PLL1 و PLL2 پکتات لیازهای قدیمی تری بشمار می آیند و با توجه به نتایج در بین ژن های برنج می توان شماره دسترسی Os06g145100 را از لیست ژن های پکتات لیاز حذف کرد. ژن های پکتات لیاز در بافت های گرده، ریشه، کلاله، پرچم و در مناطق ریزش بیان بالایی دارند. سهم عناصر پاسخ دهنده به نور در توالی پروموتوری ژن های پکتات-لیاز بیشتر است و همچنین عناصر پاسخ دهنده به متیل جاسمونات، اکسین، سالیسیلیک اسید و MBS تکرار بیشتری دارند.