چکیده: زرشک با نام علمی Berberis spp و از تیره Berberidaceae می باشد. زرشک با داشتن مقاومت زیاد نسبت به شرایط آب و هوایی نامناسب نسبت به سایر درختان میوه، محصول مناسبی برای کشت در اقلیم ایران به خصوص استان خراسان جنوبی است. در یک کار اصلاحی یک سری تلاقی بین گونه ای بین زرشک بی دانه با ژنوتیپ های انتخابی از گونه های وحشی زرشک در سال 1389 انجام گردید. در نهایت 90 درختچه در کلکسیون زرشک دانشکده کشاورزی-دانشگاه صنعتی شاهرود به مرحله باردهی رسیدند. در این پژوهش بررسی تنوع ژنتیکی و مورفولوژیکی و انگشت نگاری هیبریدهای بین گونه ای زرشک با استفاده از صفات مورفولوژی، فیتوشمیایی و فنولوژی و نشانگرهای ISSR و RAPD بررسی شد. 81 صفت مورفولوژی و کیفی فیتوشیمیایی و 5 صفت فنولوژی در 90 ژنوتیپ های هیبرید های بین گونه ای زرشک و زرشک بی دانه مورد ارزیابی قرار گرفت و در بخش مولکولی با استفاده از 10 آغازگرهای نشانگر RAPD و 9 آغازگرهای نشانگر ISSR در 29 ژنوتیپ انتخابی از کلکسیون، 3 ژنوتیپ والد، زرشک زینتی و زرشک بی دانه استفاده شد. ژنوتیپ های با کد های0516, 0608, 0611, 0524, 0404, 0536, 0519, 0525, 0528, 0703, 0530, 0103, 0515, 0528, 0203, 0603, 0607 و 0601 در یک یا چند صفت ویژگی های منحصر به فردی نشان دادند. ژنوتیپ های 0202 و 0205کاملا بی دانه هستند و از مهم ترین ژنوتیپ های کم دانه که دارای ویژگی مهم که شامل ژنوتیپ 0402 با بیشترین حجم میوه و آنتی اکسیدانت، 0507 با بیشترین میزان آبمیوه، محتویات فنل کل و وزن خوشه، 0201 با کمترین میزان pH و TA، 0403 با بیشترین میزان مواد جامد محلول، 0408 با بیشترین طول حبه، 0503 با بیشترین وزن تر میوه و عرض حبه، 0401 با بیشترین میزان وزن خشک میوه، 0501 با بیشترین میزان عملکرد وزنی در سال 1398، 0508 با بیشترین میزان آنتوسیانین شناسایی شدند. با آغازگرهای ISSR در 34 ژنوتیپ منتخب، 98 باند ایجاد شد. بیشترین تعداد باند و قدرت تفکیک کنندگی در آغازگر UBC-890 با 14 باند مشاهده شد. ضریب عدم تشابه بین ژنوتیپ ها از 23/0 تا 86/0 متغیر بود. با دندروگرام خوشه ای تنوع ژنتیکی در نشانگر ISSR، 34 ژنوتیپ زرشک در سه گروه مشخص قرار گرفتند و گروه بندی شدند و در آغازگرهای RAPD در 34 ژنوتیپ، 112 باند ایجاد شد. بیشترین تعداد باند در آغازگرهای OPN-13 و OPM-16 با 13 باند و بیشترین قدرت تفکیک کنندگی در آغازگرهای OPM-16 و BD-13 مشاهده شد. ضریب عدم تشابه بین ژنوتیپ ها از 21/0 تا 85/0 متغیر بود. دندروگرام خوشه ای تنوع ژنتیکی در نشانگر RPAD، 34 ژنوتیپ زرشک در چهار گروه مشخص و گروه بندی شدند. ژنوتیپ های که به عنوان والد استفاده شده کاملا مجزا در یک گروه قرار گرفتند. دو ژنوتیپ 0202 و 0205 با وجود داشتن صفت بی دانگی اما با زرشک بی دانه در یک خوشه قرار نگرفته و دارای تفاوت زیادی بین آنها است. ژنوتیپ 0609 و 0515 نسبت به سایر ژنوتیپ ها فاصله ژنتیکی بیشتری دارند. ژنوتیپ برتر این پژوهش می توانند جهت ارزیابی مرزعه و جهت معرفی ارقام و یا برنامه اصلاحی مورد استفاده قرار بگیرید.