دکتر میر باقری با اشاره به قَد تَّبَیَّنَ الرُّشْدُ مِنَ الْغَیِّ گفت محل رشد مشخص شده، می خواهید بیایید یا نیایید اما اگر می خواهید بیایید باید دو کار مهم را انجام دهید یکی یَکْفُرْ بِالطَّاغُوتِ از طاغوت اعراض کنید، چون در محیط ولایت طاغوت توحید وجود ندارد و دیگری یُؤْمِن بِاللّهِ ایمان به خدا بیاورید. زمانی که این دو کار را انجام دهید مستمسک به رشته محکمی هستید که گسست در آن نیست و این رشته همان دین است .
وی گفت: اگر در این راه قدم برداشتید خداوند می گوید ما ولایت شما را بر عهده می گیریم و این ولایت شما را از تاریکی به نور می برد یُخْرِجُهُم مِّنَ الظُّلُمَاتِ إِلَى النُّوُرِ . پس اگر کسی توحید را قبول کرد خدا ولایتش را بر عهده می گیرد و دیگر سیر با ولایت است و اگر کسی زیر بار ولایت نرود در سیر مستمر ولایت طاغوت قرار می گیرد أُوْلَئِکَ أَصْحَابُ النَّارِ هُمْ فِیهَا خَالِدُونَ.
حجت الاسلام والمسلمین دکتر سید محمد مهدی میر باقری با اشاره به این نکته که ما هرگز خالی از ولایت نیستیم یا سیر در وادی نور داریم یا در وادی ظلمات و بالاخره یکی از این دو ولایت را پذیرفته ایم و حد وسط ندارد، گفت: مثل این است که بگوییم من انسان با همین وضعیت بدون هیچ چیز اضافه یا کم بخواهم خارج از جاذبه زمین زنده باشم و زندگی کنم. امکان ندارد، اگر میخواهی باشی باید تحت جاذبه زمین باشی. یا تحت ولایت ظلم باشی یا تحت ولایت نور. این همان جاذبه است که ما را نگه می دارد. هر کدام در راه خود.
رئیس فرهنگستان علوم اسلامی دینداری را پذیرش الوهیت و ذیل ولایت خدا حرکت کردن دانست و افزود: دین تعطیلی ناپذیر است. نمی توانیم بگوییم من در حوزه خصوصی دین را می پذیرم اما در عرصه اجتماعی با عقل رفتار می کنم . این حرف از نظر خود عقل هم پذیرفته نیست .
وی باطن دینداری را پذیرش الوهیت خدا دانست و گفت: ظاهر دینداری شریعت یعنی اخلاق، فقه و رفتار است. حقیقت دین جریان الوهیت خداوند است که از طریق انبیاء در میان مردم جاری می شود و شریعت، نازله دین است و دینداری عمل به شریعت و تواضع طریق عبادت.