چکیده: لیگنین یکی از بیش‌ترین پلی‌مرهای زیستی آروماتیک است و قسمت اعظمی از دیواره‌ی سلولی را تشکیل می‌دهد. لیگنین نقش‌های متعددی در دفاع گیاهان دارد، لیگنین و یا ترکیب‌های فنولی شبه لیگنین اغلب به سرعت به تنش‌های زیستی و غیرزیستی پاسخ می‌دهند. شوری خاک یکی از مهم‌ترین عوامل نا‌مساعد و تنش‌زای غیر زنده است که اثر نامطلوبی بر تولید و کیفیت محصولات کشاورزی دارد و یکی از عوامل محدود کننده‌ی کشت برنج و سویا در سراسر دنیا معرفی شده است. در این پژوهش برای مطالعه ژن‌های مسیر بیوسنتز لیگنین از ابزار بیوانفورماتیک و داده‌های ریزآرایه استفاده شد. برخی از ژن‌های دخیل در مسیر بیوسنتز لیگنین در مقاومت گیاه به تنش شوری نقش دارند. بنابراین این ژن‌ها (PAL ،4CL ،(CCR در دو گیاه مدل سویا (دو لپه) و برنج (تک لپه) انتخاب شدند. بررسی‌های هم‌بیانی این ژن‌ها به منظور یافتن ژن‌های هم‌بیان با ژن‌های اصلی و ژن‌هایی که عملکرد ناشناخته‌ای دارند اما احتمالاً در بیوسنتز لیگنین و مسیرهای دیگر نقش دارند، انجام شد. بررسی بیان ژن4CL و ژن هم‌بیانش، چالکون سنتتاز و نیز ژن STR به عنوان ژن هم‌بیان با PAL و CCR تحت تیمار شوری در دو رقم حساس (L17) و مقاوم (ویلیامز) سویا و در دو سطح 0 و200 میلی مولار و 4 بازه زمانی 0 ،6، 24 و 48 ساعت ، توسط دستگاه PCR زمان واقعی انجام شد. نتایج بیان ژن نشان داد که ژن 4CL در رقم حساس سویا در 6 ساعت اول اعمال تنش شوری بیان بیش‌تری نسبت به رقم مقاوم داشته و در زمان 24 ساعت هر دو رقم افزایش بیان معنی داری داشتند. بیان ژن CHs در زمان 24 ساعت مشابه با ژن 4CL بود و ژن STR در همه زمان‌ها افزایش بیان داشت. بررسی‌های آزمایشگاهی بررسی‌های بیوانفورماتیک را تایید کرد و نشان داد که ژن‌های هم‌بیان، پروفایل بیانی مشابهی دارند. آنالیز پروموتور نشان داد که در بالادست این ژن‌ها جایگاه اتصال برای تعدادی از فاکتورهای رونویسی که در مسیر بیوسنتز لیگنین و فنیل پروپانوئیدها دخالت دارند، وجود دارد.